ggplot でのDRY
SendaiR 01 @fuuuumin
18 / 05 / 2019
Introduction
whoami
DRY: Don’t Repeat Yourself
- 同じコードの繰り返しを避ける
- 可読性
- 再利用性
demo data
- survival::pbc
- 肝臓の病気に対する治療データ
Setting themes
基本的なplot
pbc %>%
dplyr::filter(!is.na(trt)) %>%
ggplot(aes(factor(trt), albumin, fill=factor(trt))) +
geom_boxplot()
plotできたけど……
- 全体的にフォントが小さい
- 背景のグレーを白地にしたい
- 罫線を消したい
- 判例を消したい
など共通で設定したい事項がある
修正してみる
pbc %>%
dplyr::filter(!is.na(trt)) %>%
ggplot(aes(factor(trt), albumin, fill=factor(trt))) +
geom_boxplot() +
theme_bw() +
theme(axis.text=element_text(size=16),
axis.title=element_text(size=18, face="bold"),
legend.position="none")比較
共通の設定にするには
theme_set()
my_theme <- theme_bw() +
theme(axis.text=element_text(size=16),
axis.title=element_text(size=18, face="bold"),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
legend.position="none")
theme_set(my_theme)
pbc %>%
dplyr::filter(!is.na(trt)) %>%
ggplot(aes(factor(trt), bili, fill=factor(trt))) +
geom_boxplot()
Writing functions
ggplotで関数を作る
pbc$trt <- as.factor(pbc$trt)
pbc_box_func <- function(x, y) {
theme_set(my_theme)
pbc %>%
filter(!is.na(!!sym(x))) %>%
ggplot(aes(x = !!sym(x), y = !!sym(y))) +
geom_boxplot()
}
pbc_box_func("trt", "bili")
Utilizing purrr
map で繰り返しを避ける
my_vars <- set_names(c("bili", "chol", "albumin", "ast"))
dry_plots <- purrr::map(my_vars, ~pbc_box_func("trt", .x))dry_plots[[1]]
# same as dry_plots$bilidry_plots[[2]]## Warning: Removed 28 rows containing non-finite values (stat_boxplot).
dry_plots[[3]]
dry_plots[[4]]
まとめ
- 共通の設定を使うときには
set_theme() - ggplotで関数を作るときは注意が必要
詳しくはtidy evaluationで検索
- 関数を繰り返すときは
purrr::map()
Appendix
reference
Environment info
devtools::session_info()[[1]]## setting value
## version R version 3.6.0 (2019-04-26)
## os Ubuntu 18.04.2 LTS
## system x86_64, linux-gnu
## ui X11
## language ja
## collate ja_JP.UTF-8
## ctype ja_JP.UTF-8
## tz Asia/Tokyo
## date 2019-05-18devtools::session_info()[[2]]## package * version date lib source
## assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 3.6.0)
## backports 1.1.4 2019-04-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## broom 0.5.2 2019-04-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## callr 3.2.0 2019-03-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## cellranger 1.1.0 2016-07-27 [1] CRAN (R 3.6.0)
## cli 1.1.0 2019-03-19 [1] CRAN (R 3.6.0)
## codetools 0.2-16 2018-12-24 [4] CRAN (R 3.5.2)
## colorspace 1.4-1 2019-03-18 [1] CRAN (R 3.6.0)
## crayon 1.3.4 2017-09-16 [1] CRAN (R 3.6.0)
## desc 1.2.0 2018-05-01 [1] CRAN (R 3.6.0)
## devtools 2.0.2 2019-04-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## digest 0.6.18 2018-10-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## dplyr * 0.8.0.1 2019-02-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## evaluate 0.13 2019-02-12 [1] CRAN (R 3.6.0)
## forcats * 0.4.0 2019-02-17 [1] CRAN (R 3.6.0)
## fs 1.2.7 2019-03-19 [1] CRAN (R 3.6.0)
## gapminder * 0.3.0 2017-10-31 [1] CRAN (R 3.6.0)
## generics 0.0.2 2018-11-29 [1] CRAN (R 3.6.0)
## ggplot2 * 3.1.1 2019-04-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## glue 1.3.1 2019-03-12 [1] CRAN (R 3.6.0)
## gtable 0.3.0 2019-03-25 [1] CRAN (R 3.6.0)
## haven 2.1.0 2019-02-19 [1] CRAN (R 3.6.0)
## hms 0.4.2 2018-03-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## htmltools 0.3.6 2017-04-28 [1] CRAN (R 3.6.0)
## httr 1.4.0 2018-12-11 [1] CRAN (R 3.6.0)
## jsonlite 1.6 2018-12-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## knitr 1.22 2019-03-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## labeling 0.3 2014-08-23 [1] CRAN (R 3.6.0)
## lattice 0.20-38 2018-11-04 [4] CRAN (R 3.5.1)
## lazyeval 0.2.2 2019-03-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## lubridate 1.7.4 2018-04-11 [1] CRAN (R 3.6.0)
## magrittr 1.5 2014-11-22 [1] CRAN (R 3.6.0)
## Matrix 1.2-17 2019-03-22 [4] CRAN (R 3.5.3)
## memoise 1.1.0 2017-04-21 [1] CRAN (R 3.6.0)
## modelr 0.1.4 2019-02-18 [1] CRAN (R 3.6.0)
## munsell 0.5.0 2018-06-12 [1] CRAN (R 3.6.0)
## nlme 3.1-139 2019-04-09 [4] CRAN (R 3.5.3)
## pillar 1.3.1 2018-12-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## pkgbuild 1.0.3 2019-03-20 [1] CRAN (R 3.6.0)
## pkgconfig 2.0.2 2018-08-16 [1] CRAN (R 3.6.0)
## pkgload 1.0.2 2018-10-29 [1] CRAN (R 3.6.0)
## plyr 1.8.4 2016-06-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## prettyunits 1.0.2 2015-07-13 [1] CRAN (R 3.6.0)
## processx 3.3.0 2019-03-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## ps 1.3.0 2018-12-21 [1] CRAN (R 3.6.0)
## purrr * 0.3.2 2019-03-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## R6 2.4.0 2019-02-14 [1] CRAN (R 3.6.0)
## Rcpp 1.0.1 2019-03-17 [1] CRAN (R 3.6.0)
## readr * 1.3.1 2018-12-21 [1] CRAN (R 3.6.0)
## readxl 1.3.1 2019-03-13 [1] CRAN (R 3.6.0)
## remotes 2.0.4 2019-04-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## revealjs 0.9 2017-03-13 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rlang 0.3.4 2019-04-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rmarkdown 1.12 2019-03-14 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rprojroot 1.3-2 2018-01-03 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rstudioapi 0.10 2019-03-19 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rvest 0.3.3 2019-04-11 [1] CRAN (R 3.6.0)
## scales 1.0.0 2018-08-09 [1] CRAN (R 3.6.0)
## sessioninfo 1.1.1 2018-11-05 [1] CRAN (R 3.6.0)
## stringi 1.4.3 2019-03-12 [1] CRAN (R 3.6.0)
## stringr * 1.4.0 2019-02-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## survival * 2.44-1.1 2019-04-01 [1] CRAN (R 3.6.0)
## tibble * 2.1.1 2019-03-16 [1] CRAN (R 3.6.0)
## tidyr * 0.8.3 2019-03-01 [1] CRAN (R 3.6.0)
## tidyselect 0.2.5 2018-10-11 [1] CRAN (R 3.6.0)
## tidyverse * 1.2.1 2017-11-14 [1] CRAN (R 3.6.0)
## usethis 1.5.0 2019-04-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## withr 2.1.2 2018-03-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## xfun 0.6 2019-04-02 [1] CRAN (R 3.6.0)
## xml2 1.2.0 2018-01-24 [1] CRAN (R 3.6.0)
## yaml 2.2.0 2018-07-25 [1] CRAN (R 3.6.0)
##
## [1] /home/fuuuumin/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6
## [2] /usr/local/lib/R/site-library
## [3] /usr/lib/R/site-library
## [4] /usr/lib/R/library